Да, провести закрытое судебное заседания для сохранения коммерческой тайны можно по ходатайству сторон участвующих в деле.
В соответствии с пунктом 16.2. Постановления Пленума ВАС РФ от 08.10.2012 N 61 «Об обеспечении гласности в арбитражном процессе», в случае необходимости сохранения коммерческой, служебной или иной охраняемой законом тайны, разбирательство дела может осуществляться в закрытом судебном заседании по инициативе участвующего в деле лица, заинтересованного в сохранении таких сведений в тайне, о чем последним в силу части 2 ст. 11, ст. 159 АПК РФ в суд может быть подано ходатайство.