Да, являются. В старину слово "блин" произносилось как "млин", от слова "молоть". Со временем вместо звука М стал произноситься звук Б. Скорее всего это связано с удобством произношения или с тем что эти два звука являются гоморганными- органы речи при их произнесении работают одинаково (только М ещё и через нос).
Слово "млин" просто стало по-другому произноситься и оно однокоренное слово к словам "молоть" и "мельница".