Как осуществлять возврат денежных средств покупателю, если в кассе нет наличных?

По всей видимости возврат Вы делаете не день-в-день, и продаж за данный день по наличному способу не было. Поэтому на хватает наличных для возврата. В зависимости от кассы делается операция о внесении наличных денег(например с указанием причины "размен" для кассира) . После этого можно сделать возврат по проведённому чеку или свободный по позиции.
По правилам по проведенному чеку для возврата должен быть указан тот же способ оплаты что и при продаже.