Насколько я понял вопрос, то подразумевается, что рендеринг страницы начнется с файла index.js, а не index.html.
Я не знаю способа начать рендеринг страницы, начиная с js файла, однако можно сделать следующий hack:
написать весь код в отдельном js файле, возможные элементы, которые должны рендериться после выполнения какого-то запроса и потом вставить этот код в файл index.html со следующим текстом:
<script>
..window.addEventListener('DOMContentLoaded', () =>{
//код из файла
} );
</script>
Можно будет получить body - > document.querySelector('body'). innerHtml = `<div>Hello world</div>` //для шаблонов лучше использовать бэктики, это такая кавычка, где тильда(многострочная строка)