Паш, похоже на какую-то аномалию, легко может быть, что какой-нибудь драйвер долго вармапится, начиная с 6.1 винда перестраивает бутордер так, чтобы минимизировать латенси, но если у тебя есть что-то одно долгое — то его будут ждать.
Надо запрофайлить загрузку банально, чтобы была достоверная информация. Умеешь или научить?