Был ли геноцид индейцев, проживавших на территории России?

В Русской Америке нет, хотя как отметил в своем ответе Андрей, вооруженное противостояние имело место.

В Сибири и на Дальнем Востоке ситуация сложнее. Лично мне кажется, что события сопутствующие освоению этих территорий геноцидом назвать нельзя, потому что это все-таки системное явление, а вот освоение Сибири было довольно хаотичным.

Тем не менее, было много эксцессов. Мой любимый пример - биография Ерофея Хабарова. До своего визита на Амур он успел много дел наворотить в Сибири - зарабатывал нелегально - контрабандой и вполне легально - построил мельницу и организовал соледобычу в Усть-Куте. Потом попал под арест из-за конфликта с Якутским воеводой Головиным, который требовал от него бесплатный хлеб. Когда вышел услышал о невероятно богатых землях на Амуре и набрав кредитов снарядил экспедицию.

Но вот беда, земли оказались не слишком богатыми, а долги отдавать надо. В итоге он целый год просто плавал вдоль берега реки и грабил всех, что найдет. Дошло до того, что местные жители, до этого ненавидевшие манчжуров обратились к последним за помощью от злых русских.

Последовал затяжной конфликт, закончившийся поражением для России, во многом потому что после грабежей Хабарова и эвакуации населения китайцами, побережье обезлюдело и банально не с кого было собирать фураж.

При этом самого Хабарова оказался в Москве под судом, который запретил ему возвращаться на Амур.

Можно ли это все назвать геноцидом? Вроде нет, но явно это было не мирное соседство.