Вопрос действительно интересный! Фикрайтеры, кстати, частенько пытаются найти ответ на него.
В каноне нам ответа не даётся, хотя могу предположить, что там магия была всегда, а первым магом стал... ну просто человек/австралопитек/кроманьонец, родившийся с этими способностями. Не похоже, чтобы в мире Роулинг был какой-то "исток" или "начало", там магия смотрится абсолютно естественной частью мира.