Уровень прогестерона низкий тогда, когда в цикле не было овуляции. А вот причин, по которым овуляция пропадает, уже много (часть из них перечислена в предыдущем ответе). В любом случае, если овуляция вам все же нужна (то есть вы планируете беременность), то для выяснения причины ее отсутствия нужно обратиться к гинекологу.