В пользу возможного переноса приводят как правило 2 аргумента:
1) Военно-политический. Т.е. столицу разумно размещать подальше от границы, минимизируя риск внезапного удара по ней и быстрого захвата в случае войны. С 1991 года граница с потенциально или явно недружественными государствами сильно сместилась восточнее, да и характеристики вооружений выросли. Соответственно логика в целесообразности переноса столицы восточнее есть.
2) Экономический. Перенос столицы будет способствовать росту населения и развитию экономики того региона, куда она будет перемещена.
Против переноса тоже есть 2 аргумента:
1) История и традиции. Сохранение исторической преемственности и т.п. Все же Москва по большому счету является столицей еще со средневековых времен; такую инерцию переломить непросто.
2) Экономический. Перенос столицы - сложный и очень дорогостоящий проект. Всегда есть вроде как более приоритетные направления расходов.
Поэтому переносить нужно в следующем случае: безопасность управления страной в случае войны не может быть уже обеспечена из Москвы и/или экономический эффект от переноса существенно превысит затраты на этот перенос.
Дальше вопрос - куда. Из регионов России, где для развития существующего потенциала особенно не хватает населения и денег на первом месте - Дальний Восток. Однако у столицы на Дальнем Востоке есть минус - слишком близко к Японии и Китаю, а значит снова немаленькие военные риски.
Второй привлекательный вариант, причем далекий от границ: юг Западной Сибири - условный многоугольник Тобольск-Курган-Омск-Новосибирск:
- Находится достаточно близко к центру России - улучшается доступность окраин по отношению к столице (почти в любой город России можно добраться максимум за 3-4 часа самолетом; в Европу, конечно, будет дальше - это факт)
- Равнинная территория, при этом не очень экстремальный климат (хотя и жестче чем в Москве) - вполне пригодно для строительства больших городов без избыточных затрат
- Расположение рядом с ключевыми транспортными коридорами, связывающими Урал, Сибирь, нефтедобывающий Север, Казахстан (увеличение влияния на северный русскоязычный Казахстан - как бонус)
- В регионе и окрестностях достаточно природных ресурсов для развития промышленности, плюс - он вполне пригоден и для сельского хозяйства
- Регион сравнительно малонаселен, но в то же время далеко не безлюден, что даст возможность начинать не с нуля
А с точки зрения дилеммы переносить в существующий город или строить в чистом поле на мой взгляд оптимальнее был бы комбинированный вариант - строить на базе небольшого существующего города (например, как поступили в Казахстане со строительством новой столицы). Это и даст необходимую инфраструктуру на самый начальный этап, и не потребует сильно привязываться к исторически сложившемуся большому городу и/или тратить много денег на его переделку под современные, причем столичные требования.