Сейчас не знаю, но до 18 века были точно. Вот запись из Писцовой книги г. Костромы 1628-1630 г.: "Во двое Мишка Говнов - строгалник. <...> Животом добре худ" (т.е. очень беден).
Прозвища, от которых происходили такие фамилии, не считались обсценной лексикой, но и уважением соседей Мишкин предок по прозвищу Говно вряд ли пользовался авторитетом.)
В 19 веке большинство фамилий такого рода были заменены на "пристойные".