Да, это фамилия, образованная от канонического имени Панкратий (в переводе с древнегреческого «всемогущий»), а вернее, от его разговорной формы Панкрат. С точки зрения этимологии вариант Панкратов точнее, чем Понкратов, поскольку первая часть имени Панкрат восходит к греческому παν («все»). Однако написание фамилии с «о», ставшее возможным из-за безударной позиции первого гласного, встречается уже в начале XVII века. Из архивных документов 1613 года известно, например, о пушкаре Семене Понкратове.