Хранятся в областных архивах.
Сужу по своему опыту: при изучении ветви родословной из Архангельской области, ценную информацию из переписных листов первой всеобщей переписи населения Российской империи 1897 года получил в Государственном архиве Архангельской области.
Если говорить правильно, то редкие сохранившиеся данные переписи хранятся в региональных архивах
Где что можно почитать на этом сайте http://metrics.tilda.ws/perepis1897