Если открывать счёт у брокера РФ - ценные бумаги в безопасности?

Смотря о какой опасности вы говорите.
Брокер всего лишь ваш посредник, как вы верно отметили, бумаги (имущественнве права на них) хранятся в депозитарии.
Можно ли перевести дистанционно бумаги от одного брокера к другому?
Да, сегодня большинство брокеров такую возможность предоставляют. Поменять депозитарий тоже возможно, но вы говорите в своем вопросе про страновой риск, и не совсем ясно, как смена депозитария в пределах одной страны вас от этого риска защитит.
К зарубежным брокерам вам вряд ли удастся перевести свои бумаги из РФ.