Самозанятый платит налог не с прибыли, а с полученного дохода. Если нет дохода, то нет и налога.
А вот если доход, например, 5000 руб, но при этом и расход был 5000 руб, то прибыль получается = 0. Тем не менее, налог нужно будет оплатить именно с дохода: с 5000 руб.