Открыто два ИИС и не прошло 30 дней, пытаюсь закрыть тот, что позже открыт, а если закрыть два, и открыть новый ИИС, будут ли последствия?

Если никакие операции по счетам не совершались, то можно закрыть оба. И уже по новому счету работать и заявлять вычеты. Никаких последствий не будет.

Если какие-то операции уже успели провести, то, закрыв оба счета, не сможете претендовать на инвестиционные вычеты по операциям, проведенным по данным счетам (потому как одним из условий получения вычета является существование счета не менее 3х лет).