Да, государственная система страхования вкладов защищает ваши деньги в пределах 1,4 млн рублей в каждом из банков.
То есть, если у вас в одном банке, например, три вклада, то в случае отзыва у него лицензии вы можете рассчитывать на выплату до 1,4 млн рублей по всем трем депозитам в сумме, а не по каждому из них.
Но если ваши деньги лежат в трех разных банках, и у всех трех отзовут лицензии, то вы получите три компенсации в пределах 1,4 млн рублей - по счетам в каждом из них.
Более подробно о том, как работает система страхования вкладов, можно почитать здесь.