Если я зарегистрирован как ИП то при выборе типа индивидуального инвестиционного счета могу выбрать только "В"?

Если у вас ИП на упрощенке или патенте, то Вы не платите НДФЛ.

Вычет по типу А на ИИС подразумевает возврат уже уплаченного НДФЛ. Поэтому Вам возвращать нечего.

Остается возможность воспользоваться ИИС типом Б, чтобы освободиться от уплаты НДФЛ, который возникает при торговле ценными бумагами и приходящими на счет купонами.