Александр, доброго времени суток. Есть законодательно установленное правило, несовершеннолетние дети должны быть зарегистрированы по месту постоянной регистрации одного из родителей.
Второе правило. При покупке квартиры с использованием МСК Покупатель (родитель (-ли)), обязаны выделить долю в праве собственности ребёнку (детям). Следовательно, если эти два условия совпадают, то ответ на Ваш вопрос, ДА. Если нет, то ребёнок (дети) остаются зарегистрированными по месту постоянной регистрации родителей и имеют долю в праве общей долевой собственности в приобретённом на средства МСК жилище. Обязанности обязательной регистрации детей в это жилище НЕТ.