Как оформить сделку, если на квартире обременение в виде запрета на регистрационные действия?

Запрет на регистрационные действия квартиры накладывают, если собственник имеет долги.

Провести регистрационные действия обойдя интересы того, кто наложил запрет не получиться. Запрет накладывают заинтересованные лица по решению суда или приставы, которые тоже действуют на основании решения суда. Т.е. ограничение или запрет может снять только тот, кто его наложил или дать разрешение на снятие запрета собственнику.

Но есть ли смысл тому, кто установил запрет снимать его, если деньги собственник ему не выплатил?

Если планируете продать квартиру и рассчитаться с долгами, тогда кредитор теоретически может пойти вам на встречу и снять запрет, предварительно защитив свои интересы, например участвуя в расчетах при заключении договора купли-продажи.

Или еще вариант - в ДКП указываете порядок расчетов, где указаны реквизиты кредитора. Часть денег уходит кредитору, часть собственнику. Кредитор пишет расписку, что получил деньги и заявление в Росреестр о снятии запрета на регистрационные действия.