В наших задачах приходилось или а) отбраковывать весь датасет и собирать/запрашивать новый, или б) отбрасывать столбец и строить в итоге модель без этого параметра (применимо для некоторых задач: в процессе анализа оказывалось что в собираемых данных часто эти значения просто отсутствуют).