Привет.
Вопрос очень общий и не понятно, что конкретно, с какими вида данными Вы работаете. В общем случае можно поступить так:
Считать файлы CSV в датафреймы с помощью команды read_csv
df1 = pd.read_csv('file1.csv')
df2 = pd.read_csv('file2.csv')
…..
Добавить в них колонку с именем загружаемого файла или другим отличительным признаком.
Слить датафреймы с помощью команды concat
df = pd.concat([df1, df2, …], axis=1)
Далее можно воспользоваться командой groupby
df.groupby(df.columns.tolist(),as_index=False).size()