Если пришёл отказ в вычете, а деньги от налогового органа пришли, то здесь вероятнее всего ошибка в личном кабинете налогоплательщика, такие ситуации бывают, к сожалению.
Однако если ошибки нет, то Вы не только будете обязаны вернуть налоговому орган сумму вычета, которая Вам поступила на счёт, но и должны будете заплатить проценты за пользование чужими средствами.
Советуем в любом случае связаться с налоговым органом и уточнить.