Если компания арендует помещение у физлица, и по договору предусмотрен обеспечительный платеж, удерживать НДФЛ с такой выплаты не нужно (письмо Минфина № 03-04-05/5576 от 27.01.2022).
Обеспечительным платежом гарантируется обязательство, которое возникнет(или нет) в будущем. Если такое обстоятельство возникло — обеспечительный платеж зачитывается в счет обязательства. Если не возникло - сумму возвращают.
На момент получения такого платежа у физлица-арендодателя не возникает дохода, облагаемого НДФЛ. Соответственно, удерживать с этой суммы налог компания-арендатор не должна.