Как пчелиная маточка понимает в какую ячейку класть оплодотворённое яйцо, а в какую неоплодотворённое?

Трутни развиваются из неоплодотворённых яиц. Они гаплоидны. Матки и рабочие пчёлы - диплоидны. Они развиваются из оплодотворённых яиц.

После брачного полёта - оплодотворённая матка - может в течение нескольких лет сохранять семенную жидкость, полученную от нескольких трутней - в семяприёмнике. Настоящее оплодотворение яйцеклеток, происходит в процессе продвижения яйцеклеток из яичников по яйцеводу, протоки которого соприкасаются с протоками семяприёмника.

А дальше - вопрос в диаметре ячейки сот...

При откладывании в широкую трутнёвую ячейку - матке не приходится вытягивать и напрягать брюшко. При этом не происходит соприкасания протоков яйцевода и семяприёмника. Не происходит оплодотворения яйцеклетки - и в процессе дальнейшего онтогенеза, из неоплодотворённой яйцеклетки получается гаплоидный трутень. При откладывании яйца в узкую и длинную ячейку - брюшко самки вытягивается, напрягается - и происходит оплодотворение яйцеклетки, из оплодотворённого яйца - формируется диплоидная самка. А дальше - будет она рабочей или плодной - зависит от способа кормления. Ну и сам маточник - крупнее. Это ОЧЕНЬ длинная и отдельно оттянутая ячейка.

Чтобы пчёлы выращивали больше рабочих особей, и поменьше трутней - пчеловоды используют уже готовую вощину - печатную основу из воска с основанием под ячейки, по размеру подходящие для развития рабочих самок.

И выламывают маточники, если хотят избежать роения.