Я не агроном, конечно, но ответить на вопрос: "Почему косточки бывают разные?" с точки зрения генетики могу:
Тут ситуация как с горохом: он бывает желтым или зеленым, гладким или морщинистым. Это все виды признаков: цвета и формы поверхности косточки. Для самого растения крупная косточка является более полезной, чем маленькая, поэтому и встречается чаще, хотя для вас не является таковой)))
Кодируется этот все доминантным (крупная косточка) или рецессивным (маленькая косточка) генами.