Генетическое загрязнение является вредным явлением при гибридизации ГМО с родственными им дикими организмами или с/х организмами, для которых нежелательны некоторые свойства, которые обусловлены трансгенами. Например, устойчивость к гербицидам может сформировать сорняк, который сделает бессмысленной технологию использования устойчивых к данному гербициду ГМО, или устойчивость к насекомым вредителям, появившаяся у дикого растения в результате переноса трансгенов от ГМО-растения, может дать дикому растению ненормальное репродуктивное преимущество, что, возможно, приведёт к доминированию одного вида и уменьшению биологического разнообразия в естественных экосистемах. Данная проблема решается посредством создания
стерильных ГМО-растений, для которых невозможна гибридизация и, как следствие, невозможен поток трансгенов в дикие популяции (а горизонтальный перенос генов от одного многоклеточного организма другому — маловероятное событие). Да и инвазивные виды, наносящие вред экологии, могут появиться в экосистеме без всяких ГМО технологий. Коммерческие ГМО-животные (а на сегодняшний день это только один вид быстрорастущего лосося) вряд ли представляют какую-либо экологическую опасность. Лабораторные гуманизированные (с трансгенами человеческих рецепторов) ГМО-животные могут стать инкубаторами человеческих инфекций при бесконтрольном размножении в дикой среде.
Убегание в дикую природу одноклеточных ГМО или их трансгенов в большинстве случаев не опасно, т.к. многие коммерческие трансгены (например, гены для синтеза инсулина человека или синтеза сычужных ферментов) не дают одноклеточным никаких репродуктивных преимуществ и быстро потеряются в естественных условиях конкуренции. А гены устойчивости к антибиотикам или бактериофагам сами по себе распространяются горизонтальным переносом среди бактерий без участия генной инженерии. Хотя для оценки вреда генетического загрязнения, в данном случае, надо рассматривать конкретную технологию и конкретный трансген.
Реальную опасность могут представлять трансгены болезнетворных микроорганизмов, модифицированные в научных или военных целях, хотя подобные генно-инженерные манипуляции осуществляются в специальных лабораториях с высоким уровнем контроля, который должен исключать утечку микроорганизмов из лаборатории. Но сама природа является огромной лабораторией, где спонтанные мутации в геномах вирусов/бактерий/грибков могут привести к появлению штаммов опасных для человека и с/х животных/растений.
Вмешиваться в геномы организмов для достижения определённых целей и создания новых организмов при соблюдении мер безопасности — желательно и обязательно. Сегодня это широко распространённая и, в большинстве случаев, абсолютно безопасная технология в сельском хозяйстве, фармацевтике и науке. Отказ о высоких технологий — дорога в средневековье.