Можно ли предположить, что микроорганизмы, в частности микробиом человека, обладают коллективным разумом?

Вообще говоря, требовать наличие разума у микроорганизма - неверный посыл. Коллектив нейронов в головном мозге является такой же популяцией микроорганизмов, но что-то отличает один тип деятельности от другого.
Важно найти ответ: в чём сходство, а в чём отличие. Ответы уже имеются в обозначенной теории, они могут быть спорными, но их можно обсуждать.
Безапеляционный ответ, типа: шляпки у гвоздей слишком маленькие, поэтому их нельзя применять при строительстве кровли здания, - это априори неверный ответ.