Начнем с того, что полностью небелковых ферментов нет, ведь механизм их работы завязан на взаимодействии аминокислот фермента и химически активных групп субстрата. Зачастую ферменты выполняют каталитическую функцию сами по себе, но иногда они нуждаются в кофакторе - небелковом компоненте фермента. Функция кофактора в основном сводится к изменению третичной структуры белка для создания комплементарности субстрата и фермента или участию в роли ещё одного субстрата. Ферменты, содержащие катион металла в виде кофактора, называются металлоэнзимы. Также на месте кофактора могут находится производные витаминов, молекулы нуклеотидной природы или остатки фосфорной кислоты - коферменты. Комплекс кофермента и апофермента (остальной части фермента) образует целостную молекулу - холофермент. Например холофермент ДНК-полимеразы III активно участвует в репликации ДНК у прокариот, то есть холоферменты нужны там, где обычных аминокислот не хватает и для взаимодействия активного центра с субстратом нужны другие специфичные молекулы, коими и выступают коферменты.