В результате распада попадающих в организм веществ (молекул в конечном счете) с пищей/жидкостями на более мелкие фрагменты (опять же молекулы) из которых строятся новые молекулы которые идут на работу организма(типа инсулина).
если мы говорим про мочу/кал, то это продукты жизнедеятельности организма, то есть то, что осталось «лишнего» при переработке организма еды, что не нужно организму (или что он не в состоянии переработать до усваиваемой формы)