Природа не разумна и ничего не планирует, поэтому бактерии и вирусы, как и иные типы биологических систем, не для чего не предназначены природой. Можно лишь говорить о их роли в экосистемах. Многие виды бактерий лежат в основании пищевых цепей, фотосинтезирующие цианобактерии вырабатывают изрядную долю атмосферного кислорода, бактерии редуценты обеспечивают круговорот неорганических питательных веществ, разлагая мёртвую органику до простых минералов. Болезнетворные бактерии и вирусы играют важную роль в контроле численности популяций всех видов организмов, что способствует снижению межвидовой конкуренции и увеличению биологического разнообразия. Вирусы являются главным механизмом горизонтального переноса генов в мире одноклеточных организмов. Коэволюция паразитов и хозяев формирует особенности как фенотипов отдельных видов, так и состояние целых экосистем.