В первую очередь - микроорганизмы. Их размеры слишком малы для наблюдения за ними невооруженным глазом, поэтому и микроскоп для их изучения необходим. Также микроскоп используется для изучения тканей, спор, клеток, органоидов... и так вплоть до макромолекул (если используется сканирующий зондовый микроскоп).