Просуммирую и дополню существующие ответы. Частота встречаемости различных вариантов гена в разных популяциях зависит от ряда причин:
1) Разная приспособленость особей к условиям обитания. Например, в областях, где распространена малярия, намного чаще встречается мутация гемоглобина С. Люди с этой мутацией переносят малярию гораздо легче, хотя сама по себе мутация оказывает негативное влияние на способность эритроцитов переносить кислород (
https://academic.oup.com/jid/article/190/5/1006/867961)
2) Эффект основателя и изолированность популяций. Стартовые частоты вариантов (аллелей) гена зависят от генотипов особей, составляющих новую популяцию. Впоследствии, на соотношение аллелей влияет интенсивность обменов особями с другими популяциями. Чем чаще популяции обмениваются особями, тем меньше различаются частоты аллелей.
3) Эффект бутылочного горлышка. В ряде случаев особи гибнут вне зависимости от их генотипов (например, при извержении вулкана) или малое количество особей формирует новую популяцию. Тогда частоты аллелей могут сильно отличаться от частот в исходной популяции.
4) Возникновение новых мутаций. Мутации постоянно возникают в ДНК, однако лишь некоторое их число закрепляется в популяции. Таким образом, давно разделившиеся популяции могут отличаться по частотам вариантов гена, не представленных в исходной популяции.