Давайте по порядку.
Для начала, "голосеменные" сейчас - устаревшая таксономическая категория. Высшие растения делят на классы Гинкговые, Гнетовые, Саговниковые, Хвойные и Цветковые. Первые 4 класса раньше объединялись в голосеменных.
Геномы голосеменных (в широком смысле) зачастую отличаются большой длиной. Вирусу там будет довольно сложно, поскольку есть немалый шанс встроиться в неэксперссируемую часть генома. Разумеется, механизмы репарации ДНК будут эти вирусы активно вырезать оттуда и закольцовывать, чтоб никуда больше не встроились.
Далее, большинство "голосеменных" имеет довольно твёрдые и плотные внешние покровы, часто состоящие из мёртвых клеток, что так же мешает вирусам проникнуть в растение и поразить его. Да и повреждаются голосеменные довольно редко, причем, если удается их повредить, то часто уже необратимо.
С ещё одной точки зрения нельзя исключать версию, что просто так исторически сложилось, что малое число вирусов приспособилось поражать "голосеменных". К тому же, вероятно, что ещё далеко не все их вирусы уже открыты, а так же не все имеют внешнее проявление, позволяющее их идентифицировать.
Что касается фитонцидов, их взаимодействие с вирусами недостаточно изучено, но возможно.
Про микоризы момент спорный, следует отличать симбиоз с грибами, что характерно почти для всех (или для всех) "голосеменных", от поражения вредоносными грибами.
В кадке то ли пальма, то ли василёк.(: