Избавление in vitro от патогенных бактерий и грибов в теории возможно при наличии соответствующих для данных микроорганизмов бактерицидов и фунгицидов. Однако, если растение не будет продолжать выращиваться в условиях in vitro, такой способ вряд ли будет иметь смысл, так как растение постоянно будет взаимодействовать с окружающей средой и, как следствие, с бактериями и грибами, которые будут в ней содержаться.