Можно ли заключить договор с контрагентом с реквизитами банка А, а потом перечислять ему денежные средства с банка Б, минуя банк А?

А в чем проблема? Если у Вас счета в обоих банках, то все сразу же будет прозрачно. Единственное, что если вы в ответ также ожидаете платежи, то об использовании именно банка Б вам буде необходимо уведомить контрагента отдельным письмом.