Разница ровно в том же, что и между обычными прихожанами различных церквей, и философией теистических направлений.
Атеистическая философия, ровно, как и религиозная философия, в своих убеждениях имеют некую базу, на основе которой разрабатываются различные философские трактаты.
"Рядовые" атеисты, как и обычные верующие прихожане церквей, основывают свой взгляд на религию на основании того, что им вдолбили в головы в детстве подростковом, юношеском возрасте родители, воспитатели, и другие значимые в их жизни люди (школа, институт), на мнение которых они полагаются.