Чёрный цвет в религии ассоциируется с тёмной стороной или падшими ангелами, а чёрные одежды с признанием своей греховности.
С психологической точки зрения, задавать вопрос подталкивающий к желаемому ответу, называется попыткой манипуляции, а любая манипуляция даже с добрыми намерениями которыми устлана дорога в ад, является греховным деянием - тёмным (чёрным) по своей сути.
Слово часто значит лишь, что не всегда, а ещё точнее, можно сказать, что, - Я встретил чёрную книжку и натянул из идеологических соображений на понятие "часто". Или я встретил 2 чёрные книжки, которые посчитал атеистическими. Или, что я всю не религиозную литературу с чёрными обложками считаю атеистической, или почти всю.
Без конкретного понимания понятия "часто" и "книги атеистов", сложно адекватно ответить на вопрос автора. Именно поэтому пришлось создать столько предположительных образов.
С описанием вопроса не совсем согласен, так как всё дело в уровне вкуса дизайнера.
Чёрный фон лишь подчёркивает некие нормы восприятия либо эмоциональную составляющую.