В инструкции к Canon есть предупрежденте - не извлекать карту памяти, когда идет работа с ней. Там есть специальный индикатор обмена данных с картой. Возможно это случилось из-за того, что не обратили внимания в спешке на индикатор. Странно, что такое большое количество. Программа же ищет записанные, но после удаленные файлы. Еще одной причиной в вашем случае возможно была ошибка записи.