Добрый день, Алексей!
Здесь всё зависит от желания Вашей племянницы. Если она как собственник захочет это сделать, то конечно Вас снимут с регистрационного учета.
Но, выписать из квартиры прописанного в ней гражданина собственник не может по своему желанию. Согласно п. 1 ст. 35 ЖК РФ выписать человека из квартиры без его согласия можно только через суд. Поэтому если человек отказывается выписываться или просто это игнорирует, то собственникам нужно обратиться в районный суд по месту нахождения квартиры, подать исковое заявление и на основании решения суда выписать человека.
Ну, а если у Вас с племянницей добрые и теплые отношения, то Вы можете спокойно продолжать быть зарегистрированным в квартире.