Рискуя быть обвиненным в несерьезности - но, один из способов - компьютерные игры. Точнее, игры с трехмерной графикой. Еще точнее - с полной трехмерной свободой. Помню давным-давно была такая игра Descent, вот уж заставляла вскипать мозги. Сейчас, наверное тоже есть игры, которые неплохо тренируют пространственную ориентацию.
Если же говорить о более практичном варианте, то вполне подойдет Blender или другой полноценный 3D-редактор. В простой попытке что-то сделать в 3D, пространственное мышление развивается будь здоров. Можно и снаружи повертеть, можно изнутри посмотреть. Единственный (и серьезный) минус - это невозможность оценить соразмерность человеку. Поэтому очень полезно моделировать, воссоздавая реальные объекты. Да хоть собственную квартиру или комнату. В 90-е и нулевые огромное количество людей именно так становились визуализаторами.
Ну и да, я согласен с другими людьми - очень важно гулять, привыкать ориентироваться в незнакомом для себя пространстве. Можно гулять в лесу, кататься на велосипеде по незнакомым улицам или просто уехать в незнакомый город и начать бродить от жд вокзала, а потом вспоминать дорогу назад. Ну и интерьеры бывают очень даже развивающие. Я помню в Питере в новом корпусе ЛЭТИ надо было специально напрячься, чтобы попасть куда тебе хочется - по этим их двойным спиральным лестницам с непредсказуемым выходом.