Здравствуйте! Чтобы ваши сохранённые места появились в Навигаторе, нужно авторизоваться в приложении. Для этого зайдите в меню (⊞) → Войти → введите логин и пароль от аккаунта в Яндексе. Подробнее про «Мои места» читайте в Справке: https://yandex.ru/support/navigator/favorite-add.html
Основатель сообщества Android + Yandex / Андройд... · 26 окт 2021
Скорее всего в навигаторе Вы сидите под автоматически созданным аккаунтом, не под тем, где Вы создавали закладки. Также проверьте настройки навигатора.