В интернете для отслеживания времени выполнения скриптов PHP советуют пользоваться функцией microtime, с вычислением и записью в логи. Для этого нужно в каждую функцию сделать вставки кода в начале и в точках выхода. А функций в программе не одна сотня. Но, может быть, существуют средства встроенные в PHP для отслеживания времени работы скриптов / создаваемой ими нагрузки на сервер? Может есть стандартная возможность отслеживания длительности обработки URL в Apache? И то же самое для MySQL. Там интересно отслеживать длительные запросы.