Смотря для чего именно лучше.
Как показывает практика, производительность выше на физическом сервере, но при этом виртуальный сервер дает удобство администрирования и обслуживания, гибкость в настройках доступных ресурсов, масштабируемость, скорость восстановления из бекапа и т.д.
Разворачивать 1С на физическом или на виртуальном сервере в каждом конкретном случае надо рассмартивать индивидуально в комплексе анализа всей инфраструктуры, уровня подготовки обслуживающих специалистов, доступных ресурсов, бюджета и пр.
P.S.
Также необходимо учитывать нюансы защиты программ 1С. Например, проброс аппаратных USB-ключей в ВМ сама фирма 1С считает недокументированной возможностью, а при использовании программных лицензий рекомендуется поднять выделенный сервер лицензирования на отдельной ВМ со стабильными параметрами.