Вы не сможете играть на лицензионных серверах, а также делать покупки на Minecrfat realms. Разница также есть и в способе входа в игру, вы будите заходите не через официальный лаунчер, а через стороннюю программу.
Также есть риск подхватить вирус, но если скачать из проверенного источника всё будет ок.