Название "Маргиана" появилось под греческим влиянием после завоеваний Александра Македонского и распространялось лишь на восточную часть современного Туркменистана - долину Мургаба. До появления греков Маргиана была частью державы Ахеменидов и называлась персами - "Маргуш". Крайне непродолжительный период независимости Маргианы пришёлся на то время, когда Персидская империя стала терпеть поражения от Александра III Великого, а греки ещё не достигли реки Мургаб.
В отличие от своих соседей, правителей Бактрии и Согдианы, давших бой завоевателям, правитель Маргуша-Маргианы подчинился грекам добровольно. После распада державы Александра Македонского Греко-Бактрийское царство объединило Бактрию, Маргиану и Согдиану в единое целое. В дальнейшем Маргиана станет частью Парфянской державы, затем войдёт в состав державы Сасанидов, а затем будет завоёвана арабами. Можно сказать, что никакого древнего царства с названием "Маргиана" никогда и не существовало - эта страна практически всегда была чьей-нибудь провинцией.
Однако в исторической науке существует "кабинетный" термин "Бактрийско-Маргианская цивилизация", обозначающий археологическую культуру высокоразвитого общества третьего тысячелетия до нашей эры. Предполагается. что ядро этой цивилизации было расположено на территории Афганистана, вследствие политической нестабильности недоступное ныне для археологических исследований. В результате хорошо изучены лишь Гонур-Депе, Намазга-Тепе и Алтын-Депе в современном Туркменистане. Раскопки показали, что население этих древних городов в расовом отношении преимущественно принадлежало к восточно-средиземноморскому антропологическому типу и, вероятно, говорило на одном из языков вымершей хуррито-урартской семьи. Доказать последнее пока невозможно, так как не обнаружена письменность этого древнего народа.