Само по себе проектное мышление позволяет упорядочить мысли именно в рамках проекта. Соответственно, все будет строиться вокруг самой системы и её подсистем, что достаточно, если в целом проект стандартный. Но теряется составляющая Надсистемы и её компонентов, а значит, если что-то поменяется в Надсистеме, то проект может это пропустить и стать неактуальным еще на стадии реализации. Чтобы избежать этого, рекомендую подходить более системно, применять ТРИЗ и как минимум системный оператор из него.