Нет не обязательно. Удержание неустойки происходит на основании положений, определённых контрактом и Законом 44-ФЗ (из цены/внесенного деньгами обеспечения/с независимой гарантии). Право заказчика на удержание неустойки из цены контракта требует закрепления в контракте.