Нет, Бог не наказывает. Нужно понимать, что многие утверждения в Ветхом Завете не показывают Бога, таким какой Он есть. В Ветхом Завете Бог открывал Себя на том уровне, чтобы это было понятно людям того времени. В Новом Завете Иисус принёс благодать и истину. И Он сказал: Видещий Меня, видел Отца. А Он никого не наказывал, а наоборот всех исцелял.
В Ветхом Завете открывается принцип сеяния и жатвы, который действует во многих сферах нашей жизни, в том числе какие-то нехорошие вещи могут передаваться по наследству детям. То, что мы плохое получаем от родителей, это не наказание от Бога, а следствие (можно сказать жатва) того, что могли сделать родители.