Самая адекватная версия из всех, с которыми мне удалось встретиться - псевдоним появился случайно. Пытаясь выбраться за границу, Ульянову, к тому времени уже разыскиваемому, понадобился поддельный паспорт. Кто-то из его знакомых сумел найти ему документы на имя Николая Ленина. По ним он благополучно выехал из страны, стал подписывать этим именем свои статьи и корреспонденцию, а потом отбросил имя и стал использовать только фамилию. С ней и вошел в историю.
Подтолкнуло на размышления
С Путиным, думаешь, та же история?
Существует мудренная версия, дескать Ленин взял псевдоним в честь реки Лена, так как считал себя подобным "лишним героям" русской литературы, чьи фамилии также были образованы от названий рек (Онегин, Печорин)