Все говорят, что на церковь уходит слишком много денег. Откуда эти деньги, для чего изначально предназначены и почему, на ваш взгляд, неправильно используются?

Не знаю, что имеют в виду эфемерные "все", когда что-то говорят. Очень не конкретно. Правильно или неправильно – можно судить лишь на основании аудита, а с этим, как вы понимаете, непросто)

Деньги поступают из пожертвований – частных и общинных (собираются во время богослужения).

На что расходуются деньги в Церкви:

• зарплаты епископам, священникам, диаконам – им же нужно есть, пить, где-то жить, одежду и обувь, лечиться, содержать семью (у белого духовенства в православии и восточнокатолических Церквах), платить налоги, покупать бензин, ремонтировать машину и так далее, список бытовых нужд всем известен;
• зарплаты мирянам, работающим при храмах – бухгалтеры, завхозы, сотрудники благотворительных организаций, издательских отделов и так далее;
• отпускные и командировочные тем и другим, иные виды пособий;
• содержание зданий – аренда земли или самого здания, все виды ремонта, освещение, отопление, водоснабжение и канализация. В случае с памятником архитектуры (объектом историко-культурного наследия) все эти расходы возрастают в разы;
• строительство новых зданий – церковных и управленческих;
• содержание семинарий, духовных училищ и академий – здания (см. выше), зарплаты преподавателям, полное обеспечение учащихся (проживание, питание, проезд, стипендии). То же самое по монастырям;
• предметы сакрального искусства – алтари, иконы, скульптуры, раки;
• другие предметы внутри храма – подсвечники, стулья, лавки, амвоны, купели, исповедальни и так далее;
• свечи, книги, облачения, вообще всё необходимое для богослужения;
• благотворительные проекты (пример);
• мероприятия – епархиальная конференция (ежегодный съезд священников), епархиальные встречи семей/молодёжи/пожилых людей (или всероссийские, или всемирные);
• обслуживание музыкальных инструментов – органы требуют внимания и определённых условий.
  В общем-то, всё то же самое, что в любой другой крупной компании. Точно так же возможны злоупотребления, и точно так же требуются доказательства для предъявления обвинений.